Michael Mainelli menade att andra europeiska finanscentrum som Dublin, Milano, Paris och Amsterdam har blivit rikare på Londons bekostnad sedan folkomröstningen 2016.
Han sade till Reuters: ”Brexit har varit en katastrof. År 2016 hade vi 525 000 anställda, och enligt mina beräkningar har vi förlorat 40 000.”
Siffran överstiger de 7.000 jobb som EY-konsulter förutspådde skulle lämna London för EU 2022.
Enbart Dublin sägs ha fått 10 000 jobb på Londons bekostnad. Han tillade: ”The City röstade 70:30 för att stanna kvar. Vi ville inte ha det så”.
Relationerna mellan City och Bryssel har ibland varit ansträngda över frågor som det ömsesidiga erkännandet av yrkeskvalifikationer efter David Camerons omröstning som ledde till Storbritanniens utträde ur det europeiska blocket.
Mainelli, som formellt har avgått och kommer att ersättas av Alastair King den 8 november, sade att det ”fortfarande finns mycket vi kan göra när det gäller visum” för att hjälpa staden.
The City sade att även om London fortfarande är huvudcentrum för arbetsmarknaden, har de beslutat att fokusera sin tillväxt på andra städer i skärgården eller Irland.
Finansiella tjänster är en av Storbritanniens största och mest framgångsrika industrier, men produktionen har stagnerat sedan 2020, med en tillväxt på cirka 8% i Frankrike och Tyskland och 18% på Irland.
