Tillkännagivandet gjordes strax före lunchtid på onsdagen av Hans Ellegren, Kungliga Vetenskapsakademiens generalsekreterare, rapporterar TASR.
Av den totala prissumman på 11 miljoner kronor går hälften till Baker och den andra hälften till de brittiska forskarna.
I mer än ett halvt sekel har kemister försökt härleda den tredimensionella strukturen hos ett protein från dess aminosyrasekvens. Forskare vid Googles forskningslaboratorium för artificiell intelligens (AI) har nu lyckats använda AI för att förutsäga strukturen hos nästan alla kända proteiner på jorden, av vilka det finns 200 miljoner.
En ”guldgruva för forskare”
Den artificiella intelligenskoden AlphaFold2 som Google gjort tillgänglig för allmänheten har av Vetenskapsakademien kallats för en ”guldgruva för forskare”. AlphaFold2 har hittills använts av mer än två miljoner människor i 190 länder.
”Tidigare tog det ofta åratal att räkna ut strukturen hos ett protein – om det överhuvudtaget gick. Nu kan det göras på några minuter”, skriver Kungliga Vetenskapsakademien. Det medges att AI-modellen inte är perfekt, men den kan uppskatta sannolikheten för hur korrekt den struktur den producerar är.
David Baker har å andra sidan lyckats med det som många forskare fram till nyligen trodde var omöjligt: att skapa helt nya proteiner med helt nya funktioner.
Han gjorde det med hjälp av Rosetta, ett datorprogram för att förutsäga proteinstrukturer, som han introducerade 1998. Senare bestämde han sig för att prova den omvända processen med programmet: istället för att mata in aminosyrasekvenser för att få fram proteinstrukturen, var hans uppgift att använda inmatningen av den önskade proteinstrukturen för att få förslag på aminosyrasekvensen och på så sätt skapa ett nytt protein.
Något liknande inträffade inte i naturen
Bakers forskargrupp ritade ett protein med en helt ny struktur och lät programmet Rosetta beräkna vilken typ av aminosyrasekvens som skulle kunna leda till det önskade proteinet. Rosetta sökte igenom en databas med alla kända proteinstrukturer och letade efter korta fragment av proteiner som hade likheter med den önskade strukturen. Därefter optimerades dessa fragment och aminosyrasekvensen utformades. På så sätt visade det sig att Rosetta kunde konstruera ett nytt protein.
Fram till dess hade forskarna bara kunnat efterlikna befintliga proteinstrukturer. Men det protein som skapades av Rosetta var unikt, något som aldrig hade setts i naturen. Med sina 93 aminosyror var det också det största protein som skapats de novo.
Baker har gjort koden för Rosetta tillgänglig, så forskare utvecklar programmet vidare och hittar andra användningsområden för det, tillade Kungliga vetenskapsakademin.
