Den 6 november samma år avled han i Berlin (Tyskland) efter att ha drabbats av en hjärtattack. Den 11 november hölls en högtidlig begravning i Wilmersdorf Farewell Hall i Berlin. År 1948 transporterades urnan med hans aska till Lithuanian National Cemetery i Chicago (USA) för begravning.
År 1950 avtäcktes ett monument till Šliūpas ära på platsen för hans grav. Senare begravdes hans andra hustru, Grasilda Grauslytė-Šliūpienė (1893-1976) från Palanga, i närheten.
J. Šliūpas blev känd för sin extraordinära aktivitet, talang och uthållighet i utbildningsmässiga och politiska sammanhang både i Litauen och i diasporan.
Hans biografi är full av extraordinära upplevelser, otroliga vändningar i ödet, upp- och nedgångar, och hans energi och beslutsamma karaktär gav ibland upphov till hetsiga offentliga debatter.
En av de viktigaste fakta och faser i Šliūpas biografi är kopplad till Palanga, där han tillbringade de sista åren av sitt liv.
Han hade bott där sedan 1930 och när Palanga fick stadsrättigheter blev han den förste borgmästaren 1933 och tjänstgjorde periodvis fram till 1941.
Jonas Šliūpas levde ett långt liv och följde en enkel princip, som han också sade enkelt om: ”Jag levde så gott jag kunde och visste, och strävade alltid efter ett visst ideal”.
För sina insatser för Litauen tilldelades han två gånger (1928 och 1936) Gediminasorden av GDL, 1:a och 2:a graden, och 1933 gavs ett frimärke med hans bild ut i serien Dawnbringers, och samma år tilldelades han Lettlands trestjärniga orden. Hans bidrag till vetenskap och kultur uppmärksammades också: han utnämndes till hedersdoktor i medicin (1923), humaniora (1923) och juridik (1939). År 1936 firades hans 75-årsdag på statsteatern i Kaunas.
