Polisen där arbetar också med versionen att det var en möjlig tvist om markägande.
Mexikanska myndigheter rapporterade på lördagen om mordet på en andra borgmästare från den sydliga delstaten Guerrero på mindre än en vecka. Acacia Flores kropp upptäcktes med en kula i bakhuvudet. AFP rapporterar.
Borgmästaren i Malinaltepec besökte ursprungligen ursprungsbefolkningen på torsdagen, där han sedan fängslades. En människorättsaktivist har sedan dess försökt förhandla om hans frigivning. Han berättade för AFP att politikerns kropp hittades i en skåpbil i Malinaltepec.
Enligt Guerreros statsåklagare har en utredning av det grova mordet redan inletts. De arbetar också med versionen att det var en möjlig tvist om markägande.
Den nyvalde borgmästaren i Copala, Salvador Villalba Flores, mördades i början av förra veckan när han åkte buss. Han skyddas vanligtvis av nationalgardet, men reste ensam vid tillfället, rapporterade mexikanska medier.
Mexiko höll president- och guvernörsval i flera delstater den 2 juni och valde även borgmästare, kommunfullmäktigeledamöter och kommunstyrelseledamöter. Kampanjen inför dessa val har varit extremt våldsam och sedan i höstas har över 30 kandidater mördats.
Guerrero är den delstat som drabbats hårdast av drogkartellernas våld på grund av sitt läge på Mexikos västkust. Nästan 1.900 mord registrerades där förra året.
