Kravet på evakuering kom som svar på raketbeskjutning som Israel sa härstammade från området.
Den israeliska armén beordrade på lördagen evakuering av ett tätbefolkat område nära staden Khan Younis eftersom den planerar att inleda en operation där mot Hamas-militanter. Området som berörs av ordern är en del av en humanitär zon som skapats för att hålla civila borta från stridsområden, rapporterade AP.
Kravet på evakuering kom som svar på raketbeskjutning som Israel sa härstammade från området. Det är den andra evakueringsordern den här veckan av den israeliska militären runt staden Khan Younis i södra Gazaremsan.
Måndagens begäran om evakuering av civila följdes av ett flyganfall från den israeliska armén runt staden, vilket enligt Gazas hälsoministerium resulterade i minst 70 dödsoffer.
FN rapporterade att 180.000 palestinier har flytt striderna i Khan Younis sedan i måndags. Man tillade att evakueringsorderna allvarligt har destabiliserat humanitära operationer i den palestinska enklaven, rapporterade AFP.