”Huset stod i lågor och vi var tvungna att rädda piloterna eftersom de var fastklämda”, säger vaktmannen.
Enligt de första uppgifterna fanns fyra personer ombord.
Branden har ännu inte släckts.
Tadas Vasiliauskas, talesman för Litauens flygplatser, rapporterade att fraktplanet flög från Leipzig i Tyskland.
För närvarande är verksamheten på Vilnius flygplats inte störd.
Stadens specialtjänster arbetar på platsen och leder räddningsinsatserna, liksom besättningar från Vilnius flygplats brandkår.
Julija Samorokovskaja, chef för kommunikationsavdelningen vid Vilnius läns poliskommissariat, berättade för BNS att poliser stängde av trafiken från Liepkalnis Street till Žirnių Street.
”Det är verkligen stora styrkor av både poliser och brandmän som arbetar”, sade hon.