Betalningar med bank- och kreditkort har varit störda sedan tidigt i morse, även om bankomaterna fungerar normalt.
Baserat på den tillgängliga kunskapen kan möjligheten till en cyberattack uteslutas, säger en talesman för den tyska bankindustrins kommitté (förening).
Störningen orsakades av problem hos First Data, en IT-tjänsteleverantör som tillhör den amerikanska Fiserv-koncernen, sade talesmannen.
Han tillade att företaget gör allt för att lösa problemet och att man kommer att informera sina kunder så snart som möjligt.
Tysklands Federal Office for Information Security (BSI) sade sig vara medvetna om ”störningar i betalkortstransaktioner vid olika finansinstitut” och var ”i kontakt med offren och de relevanta myndigheterna”.
”Vi analyserar för närvarande de faktiska omständigheterna och störningarnas art och omfattning”, sade byrån i ett uttalande.