Sjömännen var ute och fiskade när de hittade flaskorna cirka 600 km från staden Tangalle på öns sydkust.
Tjänstemän från Sri Lankas flotta berättade för reportrar att fiskarna hade druckit ur flaskorna i tron att de innehöll alkohol.
De delade också ut några av flaskorna till andra besättningar som arbetade i området.
Nu görs försök att meddela följande besättningar.
Marinen behandlar männen direkt ombord på fiskebåten Devon eftersom man befarar att man inte har tillräckligt med tid för att få dem till land för behandling.
Händelsen har lett till protester i kuststaden, som ligger cirka 193 km från huvudstaden Colombo, och krav på att de överlevande sjömännen ska återvända till land.
Myndigheterna undersöker för närvarande innehållet i flaskorna.
